Клубы, старающиеся поддержать игровую практику путем проведения двух турниров, понимали, что без чемпионата нереально будет выйти в Европейские кубки. Таким образом, два года подряд Азербайджан остался без еврокубков. Клубы требовали созыва внеочередной конференции федерации и проведения новых выборов. В противном случае они отказывались выходить на матчи чемпионата.

Переговоры, начавшиеся в начале 2003 года, наконец-таки шли к тому, чтобы дать положительный результат.  После поездок делегатов УЕФА и ФИФА в Баку, их встреч с представителями правительства, АФФА и клубов было достигнуто соглашение. Клубы согласились начать чемпионат, а федерация – созвать внеочередную конференцию и установить время выборов. Таким образом, 17 мая стартовал 12-й чемпионат страны.

«Нефтчи», усиливший свой состав Видади Рзаевым, Гусейном Магомедовым, на следующий же день отправился на матч с непримиримым противником последних лет «Шамкиром» и начал чемпионат с поражения. А следом пошла длительная беспроигрышная серия. До конца первого круга флагман сенсационно сыграл вничью с МОИК и «Хазар Университети». Все остальные встречи бакинцы завершил победой. В составе «Нефтчи» лидерскими качествами отличался Вадим Васильев, ни раз спасавший команду голами забитыми в самые трудные моменты. После первого круга бакинцы были в верхней части турнирной таблицы.

Перерыв между первым и вторым кругами был связан только с игрой сборной и проведением кубковых матчей. Так как чемпионат начался рано, планировалось играть до декабря, и сделать перерыв в зимние месяцы. В первом туре второго круга «Нефтчи» принял «Шамкир» - одного из своих главных соперников. Эта встреча завершилась вничью – 2:2. До конца 2003 года в чемпионате был сыгран 21 тур. Наша команда, завершив все игры с победой, шагнула в новый год в группе лидеров вместе с «Карабахом» и «Шамкиром».

В конце декабря состоялась отчетно-избирательная конференция АФФА. В последнюю минуту Фуад Мусаев отозвал свою кандидатуру, и президент «Нефтчи» Рамиз Мирзоев был избран новой главой федерации. В первые дни 2004 года он подал в отставку с должности руководителя «Нефтчи», а клуб перешел в управление Нефтеперерабатывающего Завода «Азернефтянаджаг». 26 января на заседании Правления Ровнаг Абдуллаев был назначен новым президентом флагмана. Абдуллаев, поставивший целью постоянно занимать лидерские позиции, с первых же дней продемонстрировал, что сделает все необходимое, чтобы сделать «Нефтчи» чемпионом.

Были подписаны контракты с Махмудом Гурбановым, Джахангиром Гасанзаде, вернувшимися на родину из Украины, Гурбаном Гурбановым, вернувшимся из России, и Зауром Тагизаде из «Шафа». «Нефтчи», усиленный новыми игроками, считался одним из главных претендентов на чемпионство, и для этого, в первую очередь, надо было победить «Карабах».

Из-за большого интереса болельщиков, матч с согласия сторон был проведен на Республиканском стадионе имени Тофика Бахрамова. Счет в матче, за которым следили 15 тысяч зрителей, после флангового прострела Заура Тагизаде открыл Гурбан Гурбанов. Вскоре хозяева смогли сравнять счет. Однако «Нефтчи» демонстрировавший в тот день более зрелищный футбол смог, добиться победы. Во втором тайме защитник агдамцев Ильхам Ядуллаев, сбил в собственной штрафной Гурбана Гурбанова. Пострадавший сам реализовал пенальти А спустя две минуты Элтай Асланов забил красивый гол и поставил точку в матче. Благодаря этой победе лидерство перешло к «Нефтчи».

Матч с МОИК прошел сложнее. Хозяева поля изо всех сил пытались отобрать очки у «Нефтчи», и для этого прибегали к грубости. Так, грубость голкипера Анара Байрамова на 7-й минуте чуть не стоила Гурбану Гурбанову жизни. Быстрое вмешательство футболистов спасло капитана, от удушья в результате западения языка. Но даже травма капитана не помешала сохранить лидерство, проявив решимость, и отметить в итоге 4-е чемпионство. Команда, завершила сезон, опередив своего ближайшего соперника на 5 очков, и получила право представлять нашу страну в Лиге Чемпионов.