«Нефтчи» дебютировал в Еврокубках в сезоне 1995-1996 гг. 10 августа 1995 г. «черно-белые» встретились в гостях с кипрским АПОЭЛ в рамках Кубка Кубков, и в этой первой игре проиграли со счётом 0:3.  А в повторном матче, состоявшемся 24 августа, счёт не был открыт – 0:0.

Первую победу в еврокубках флагман одержал в следующем сезоне. 17 июля 1996 г. в Баку состоялся матч в рамках Кубка УЕФА против болгарского «Локомотива», и в этой игре наша команда одержала победу со счётом 2:1.

Впервые во второй этап еврокубков «Нефтчи» вышел в сезоне 2004-2005 гг. 13 июля 2004 г. в рамках Лиги Чемпионов наша команда проиграла в гостях клубу «Широки Бриег» из Боснии и Герцоговины, а в повторном матче, состоявшемся 21 июля, наша команда одержала победу со счётом 1:0 и преодолела данный этап.

Впервые «черно-белые» преодолели два этапа в 2008 г. В том году «Нефтчи» оставил за бортом в Кубке Интертото словацкую команду «Нитра» (2:0, 1:3) и бельгийский клуб «Жерминал» (1:1, 1:0).

Наибольшего успеха в еврокубках «Нефтчи» добился в сезоне 2012-2013 гг. В том сезоне наша команда, впервые в истории азербайджанского футбола, завоевала путёвку в групповой этап Лиги Европы. 23 августа 2012 г., на стадии плей-офф Лиги Европы «черно-белые» сыграли в Баку вничью с кипрским АПОЭЛ (1:1), а в гостевом матче, состоявшемся 31 августа, одержали победу со счётом 3:1, совершив исторический дебют. В групповом этапе «Нефтчи» встретился с итальянским «Интером» (1:3, 2:2), сербским «Партизаном» (0:0, 1:1) и российским «Рубином» (0:1, 0:1).

В совокупности, «Нефтчи» провёл в Еврокубках 78 игр. Одержав победу в 25 матче, наша команда потерпела 34 поражений, а 19 матчей завершились вничью. Разница мячей составляет 89-120.