Агиль Мамедов родился 1 мая 1989 года в селе Абрагунус Джульфинского района Нахчыванской АР. Воспитанник «Бакы», Мамедов, помимо этого клуба, защищал ворота «Нефтчи», AZAL, «Габалы», а также основной и молодежной сборных Азербайджана (U-21). Он дважды становился чемпионом Азербайджана и дважды обладателем Кубка страны.
Завершив футбольную карьеру в 33 года в «Нефтчи», Агиль Мамедов начал тренерскую деятельность в Футбольной академии «Нефтчи».
Обладает тренерской лицензией категории «C» UEFA.